国家网信办会同国家工商总局、国家卫生计生委和北京市有关部门成立的联合调查组自进驻百度公司以来，集中围绕百度搜索在“魏则西事件”中存在的问题、搜索竞价排名机制存在的问题进行了调查取证。经过一段时间的调查，调查组认为，百度搜索相关关键词竞价排名结果客观上对魏则西选择就医产生了影响，百度竞价排名机制存在一系列的问题，容易误导网民的选择，必须立即整改。

经过调查之后，调查组对百度公司提出了以下整改要求：
一、立即全面清理整顿医疗类等事关人民群众生命健康安全的商业推广服务。即日起，对医疗、药品、保健品等相关商业推广活动，进行全面清理整顿，对违规信息一经发现立即下线，对未获得主管部门批准资质的医疗机构不得进行商业推广。
二、改变竞价排名机制，不能仅以给钱多少作为排位标准。立即调整相关技术系统，在2016年5月31日前，提出以信誉度为主要权重的排名算法并落实到位；对商业推广信息逐条加注醒目标识，并予以风险提示；严格限制商业推广信息比例，每页面不得超过30%。
三、建立完善先行赔付等网民权益保障机制。畅通网民监督举报渠道，提高对网民举报的受理、处置效率；对违法违规信息及侵害网民权益行为，一经发现立即终止服务；建立完善相关机制，对网民因受商业推广信息误导而造成的损失予以先行赔付。
而相对应的，百度官方也在同一天对调查组的要求作出了相应的回应。百度搜索公司总裁向海龙表示，百度坚决拥护调查组的整改要求，深刻反思自身问题，绝不打一丝折扣。百度将以这次事件为契机，全面落实整改要求。”向海龙说。
百度将根据调查组的整改要求，从以下六个方面全面落实：
1.立即全面审查医疗类商业推广服务，对未获得主管部门批准资质的医疗机构坚决不予提供商业推广，同时对内容违规的医疗类推广信息（含药品、医疗器械等）及时进行下线处理。并落实军队有关规定，即日起百度停止包括各类解放军和武警部队医院在内的所有以解放军和武警部队名义进行的商业推广；
2.对于商业推广结果，改变过去以价格为主的排序机制，改为以信誉度为主，价格为辅的排序机制；
3.控制商业推广结果数量，对搜索结果页面特别是首页的商业推广信息数量进行严格限制，每页面商业推广信息条数所占比例不超过30%；
4.对所有搜索结果中的商业推广信息进行醒目标识，进行有效的风险提示；
5.加强搜索结果中的医疗内容生态建设，建立对医疗内容的评级制度，联合卫计委、中国医学科学院等机构共同提升医疗信息的质量，让网民获得准确权威的医疗信息和服务；
6.继续提升网民权益保障机制的建设，增设10亿元保障基金，对网民因使用商业推广信息遭遇假冒、欺诈而受到的损失经核定后进行先行赔付。
通过整理发现，百度公司的六条措施中，第（1）项对应着调查组的第一项要求，第（2）（3）（4）项措施对应调查组的第二项要求，第（6）项措施对应着调查组的第三项要求。
北京申辉律师事务所律师认为：首先，从此次事件在网上一起关注以来，无论是调查组还是百度的处理上，都是值得称赞的。国家调查组能及时有效的介入，并及时在公布相关调查进展，在一定程度上保障了公民的知情权的同时，也安抚了广大网民的急迫心情。并且，百度公司的全力配合，也在一定程度上减小了调查进程的难度，体现了我国企业的良心与责任感。对于我国广大网民来说，搜索引擎是他们获取所需要的信息的重要渠道，在一定程度上具有很强的导向作用。申辉律师认为，国家相关部门应当加强相关法律法规的建设，促进搜索服务管理发展的法治与规范化建设路程。国家相关部门也应当会同企业，联合起来严厉打击网上传播医疗、药品、保健品等事关人民群众生命健康安全的虚假信息、虚假广告等违法违规行为，防止类事件的再次发生。